本願寺神戸別院はその昔、浄土真宗に帰依する篤信者によって、摂津国八部郡二つ茶屋村に寺舎が築かれ、寛永十六年（一六三九）年に第十三代良如宗主より寺号を授与された善福寺を前身としています。その後時代を経て現在の地に移転。さらに明治十一年八月に別格別院となり、後に本願寺管長代理を勤め、貴族院議員や拓務大臣を歴任した大谷尊由師を住職に迎えました。

当時の建物は従来の木造建築物でしたが、大正六年一月の火災により焼失。翌年から復興に着手して鉄筋本堂の先端をきり、昭和五年、鉄筋の大寺院として我が国初のインド仏教様式デザインの建造物が完成しました。

その斬新な様式の寺院は、神戸の高台に異彩を放ち、モダン寺として多くの人々に親しまれることになります。

この後、戦災を免れた別院は昭和三十五年八月から、浄土真宗本願寺派（西本願寺）本山直属となり、本願寺神戸別院と命名されました。同年十月には兵庫教区教務所が併設され、兵庫教区の伝道拠点として大きな役割を果たしてきました。

しかし、近年施設の老朽化が著しくなり全面新築することに決定。モダン寺の面影を残しつつ、本願寺神戸別院・兵庫教区教化センターとして、平成七年九月に竣工。ホールや会議室などを備えた多目的に使用できる施設となりました。